Lalu di era pemerintahan Presiden Abdurrahman Wahid (Gus Dur), Kwik Kian Gie pernah menjabat sebagai Menteri Koordinator Bidang Ekonomi, Keuangan, dan Industri (Ekuin) periode 1999-2000.
Kemudian pada tahun 2001-2004, Kwik Kian Gie dipercata Megawati Soekarnoputri untuk mengemban jabatan Menteri Perencanaan Pembangunan Nasional dan Kepala Bappenas. Kwik Kian Gie pun diganjar Bintang Mahaputra Adipradana pada tahun 2005. (kompas.com/dri)