Sistem operasinya berbasis Android 15 yang sudah dilengkapi dengan pembaruan keamanan terbaru dari Google, sehingga perlindungan terhadap malware dan aplikasi berbahaya lebih terjamin.
Selain itu, tablet ini mendukung sistem penguncian layar dengan pola, PIN, dan password, serta kemungkinan integrasi dengan biometrik seperti face unlock untuk akses cepat dan aman.
Dengan chipset Snapdragon 8s Gen 3, iQOO Pad 5e juga memanfaatkan fitur keamanan bawaan dari Qualcomm seperti Qualcomm Secure Processing Unit (SPU) yang membantu melindungi data sensitif.
Dukungan penyimpanan terenkripsi memastikan file dan informasi pribadi tetap aman meski perangkat hilang atau dicuri.